司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    通常情况可结案

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商并确定了分期付款的方案，且该方案得到法院的认可，一般会按照不同的处理方式结案。

    调解结案 ：法院会根据双方协商的内容制作民事调解书。当双方签收调解书后，诉讼程序即告终结，案件结案。例如在民间借贷纠纷中，出借人与借款人在法院主持下达成分期付款调解协议，法院出具调解书，案件就以调解方式结案。

    和解撤诉结案 ：双方私下达成分期付款的和解协议后，原告可以向法院申请撤诉。经法院审查符合撤诉条件的，裁定准许撤诉，案件也就此结案。

    存在继续执行可能不结案

   如果债务人在达成分期付款协议后，没有按照约定履行付款义务，那么债权人可以向法院申请恢复执行原生效法律文书。例如，在民事判决生效后，双方协商分期付款，但债务人支付了几期后就不再支付，此时债权人有权申请恢复执行，这种情况下案件不会结案，而是会重新进入执行程序。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   刑事附带民事诉讼类似于民事案件的处理方式。如果双方就民事赔偿部分达成分期付款协议，经法院确认后，附带民事诉讼部分可以以调解或原告撤诉等方式结案，但刑事部分仍会按照法定程序继续进行。例如在故意伤害案件中，被告人与被害人就民事赔偿达成了分期付款协议，法院对附带民事诉讼部分调解结案，但对被告人的刑事审判依然会继续，以确定其是否构成犯罪以及应承担的刑事责任。

    不存在司法协商分期付款结案情况

   在单纯的刑事案件中，刑事责任是不能通过当事人之间协商分期付款来解决和结案的。刑事责任是国家对犯罪行为的制裁，具有强制性和不可协商性。例如，对于盗窃罪，犯罪分子不能与被害人协商通过分期付款的方式来免除或减轻刑事处罚，案件会依据法律规定进行侦查、起诉和审判。