司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案情况

    - 如果是在法院主持下达成了司法调解协议，约定了分期付款的内容，且双方按照协议履行完毕，那么法院通常会以执行完毕的方式结案。例如在民间借贷纠纷中，原告起诉被告要求偿还借款，经法院调解，双方达成被告分三期偿还借款的协议。被告按照协议按时足额偿还了全部借款后，法院会认定案件执行完毕并结案。

    - 即便没有完全履行完毕，但债权人向法院明确表示放弃剩余债权，认可债务已经了结，并且向法院提交结案申请，法院也会基于当事人的意思自治，对案件进行结案处理。

    可能不会结案情况

    - 若在达成司法协商分期付款协议后，债务人没有按照协议约定的时间和金额履行还款义务，债权人可以向法院申请恢复执行原生效法律文书或者要求按照调解协议继续执行。在这种情况下，案件不会结案，而是会继续处于执行程序中。比如，调解协议约定每月还款5000元，债务人仅支付了一个月后就不再履行，债权人有权申请法院采取强制执行措施，案件会持续推进直至问题解决。

    - 案件在执行过程中可能出现一些特殊情况导致无法顺利结案，如债务人下落不明、无可供执行的财产等。法院在经过法定程序查询后，发现债务人确实没有可供执行的财产，可能会裁定终结本次执行程序，但这并不意味着案件真正结案。一旦发现债务人有可供执行的财产，债权人可以随时申请恢复执行。

    刑事案件

   - 刑事案件中涉及民事赔偿部分，如果达成了分期付款的协议，对于刑事部分的审理和判决通常没有直接影响。刑事诉讼主要是为了追究犯罪嫌疑人的刑事责任，其进程依据法律规定和证据情况进行。

    - 对于民事赔偿部分，如果犯罪嫌疑人或其家属与被害人达成了分期付款赔偿协议并按约履行完毕，在量刑时可能会作为从轻处罚的情节予以考虑。但刑事案件不会因为民事赔偿的分期付款协议履行情况而直接结案，只有在经过侦查、审查起诉、审判等一系列法定程序，法院作出最终判决且判决生效后，刑事案件才会结案。