在这种情况下，发货方或收货方可以通过以下步骤来处理运费退还问题：

    收集证据

   证据是解决纠纷的关键，需要收集能够证明重复支付运费这一事实的相关材料，具体包括：

    支付凭证 ：发货方和收货方支付运费的转账记录、支付截图、银行流水等，以此证明两次支付运费的具体金额、时间和对象。

    运输合同 ：若存在书面的运输合同，其中会包含关于运费金额、支付方式、支付主体等条款，这可以证明正常情况下只需支付一次运费。

    沟通记录 ：与司机或车主就运费支付事宜的聊天记录、通话录音等，确认双方对于运费支付情况的沟通内容。

    再次协商

   虽然之前车主以各种理由推脱，但仍有必要再次尝试与车主进行正式的沟通协商。可以通过以下方式：

    面对面沟通 ：选择合适的时间和地点，与车主当面交流，明确指出重复支付运费的事实，要求其退还多收的款项，并耐心解释原因，避免情绪化的表达，争取和平解决问题。

    发送书面通知 ：以信函或电子邮件的方式向车主发送正式的通知，在通知中详细说明重复支付运费的情况，附上相关证据，并明确要求车主在一定期限内（如7个工作日）退还多收的运费，同时保留好发送凭证。

    寻求第三方调解

   如果自行协商无果，可以寻求第三方的调解帮助：

    行业协会 ：若运输行业存在相关的协会组织，可以向其反映情况，请求协会介入调解。协会通常具有一定的行业规范和调解机制，能够在中间起到协调作用，促使车主退还运费。

    消费者协会 ：收货方若认为自身权益受到侵害，也可以向消协投诉，消协可以根据具体情况进行调解，维护消费者的合法权益。

    法律途径

   当上述方法都无法解决问题时，可以考虑通过法律途径解决：

    发送律师函 ：委托律师向车主发送律师函，律师函具有一定的威慑力，它明确告知车主其行为的违法性以及可能面临的法律后果，要求其在规定时间内退还运费。这既给了车主最后一次主动解决问题的机会，也为后续的诉讼做了铺垫。

    提起诉讼 ：若车主仍然拒绝退还运费，可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，将之前收集的证据提交给法院，请求法院判决车主退还多收的运费，并承担可能产生的利息、诉讼费等相关费用。法院会根据双方提供的证据和陈述进行审理，并依法作出判决。

   在整个处理过程中，要注意保持冷静和理性，按照合法合规的程序进行操作，以最大程度地维护自己的合法权益。