非婚生子有出生证明但上男方户口仍要求做亲子鉴定，主要基于以下几方面原因：

    防止户籍管理漏洞

    避免虚假申报 ：在非婚生育的情况下，可能存在一些人为了某些利益（如获取拆迁补偿、教育资源等）而虚假申报孩子与男方的亲子关系。例如，有的家庭为了多获得一份拆迁补偿款，可能会将与男方并无血缘关系的孩子申报到男方户口下。通过亲子鉴定，可以有效防止这种虚假申报情况的发生，确保户籍信息的真实性和准确性。

    维护户籍登记的严谨性 ：户籍管理是一项严肃的工作，对于非婚生子女落户，需要更加严格的审核。即使有出生证明，也不能完全排除错误或欺诈的可能性。亲子鉴定作为一种科学的证明方式，可以为户籍登记提供更可靠的依据，维护户籍登记制度的严谨性。

    明确法律亲子关系

    确定法定父亲 ：出生证明虽然记录了孩子的出生信息，但对于非婚生子来说，出生证明上登记的父亲不一定就是生物学上的父亲。在法律上，确定亲子关系对于孩子的权益保障至关重要，比如涉及到抚养权、继承权等问题。通过亲子鉴定，可以明确孩子与男方之间的生物学亲子关系，从而确定男方在法律上作为父亲的地位。

    保障各方权益 ：对于男方来说，进行亲子鉴定可以避免承担非亲生子女的抚养义务等责任；对于孩子来说，明确的亲子关系有助于其获得应有的权益，如在男方的遗产继承、社会福利享受等方面。例如，孩子在成长过程中可能需要享受男方所在地区的教育、医疗等福利政策，明确的亲子关系是其享受这些权益的基础。

    遵循相关政策法规

    各地户籍政策要求 ：不同地区的户籍管理部门可能根据当地的实际情况和政策要求，对非婚生子女落户做出不同的规定。有些地方为了加强人口管理和保障公民合法权益，会要求非婚生子女上男方户口时提供亲子鉴定证明。这是地方政府为了规范户籍管理、防止人口统计误差等目的而采取的措施。

    国家相关法律规定 ：为了维护社会秩序和保障公民的合法权益，国家在户籍管理等方面有一系列的法律法规。虽然有出生证明是孩子出生的重要凭证，但在涉及非婚生子女落户等特殊情况时，为了确保符合法律规定和程序，可能需要通过亲子鉴定等方式进一步确认亲子关系。例如，《国务院办公厅关于解决无户口人员登记户口问题的意见》中对于非婚生育无户口人员的落户问题有相关规定，各地在执行过程中可能会结合实际情况要求进行亲子鉴定。