针对你遇到的情况，可以从以下几个方面来分析和处理：

    关于科研经费和超课时费

   学校拖欠科研经费和超课时费的行为是不合理且可能违反法律规定的。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里的工资可以宽泛理解为劳动者因提供劳动而应获得的报酬，超课时费显然属于此类。科研经费如果是你应得的工作相关费用，学校也不应拖欠。

   你可以采取以下措施：

    与学校协商 ：首先尝试与学校相关部门（如财务处、人事处等）进行沟通，明确指出学校拖欠费用的事实，并要求学校给出支付的时间节点。

    收集证据 ：整理好能够证明你应获得科研经费和超课时费的相关证据，比如科研项目合同、课程安排表、课时记录、绩效评估文件等。

    向教育主管部门投诉 ：如果与学校协商无果，可以向当地的教育主管部门反映情况，请求他们介入调查和协调。

    申请劳动仲裁 ：你还可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径追讨被拖欠的费用。

    关于离职赔偿协议

   学校让你签订的要求工作六年才能离职，少一年赔偿60000元的协议，其合法性需要具体分析。

   根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条规定，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

   第二十三条规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

   除上述两种情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。在你的情况中，如果学校没有为你提供专项培训并支付费用，或者不存在竞业限制的约定，那么该离职赔偿协议可能是无效的。

   你可以采取以下措施：

    与学校沟通协议的合法性 ：向学校指出该协议可能不符合法律规定，要求学校重新考虑赔偿要求。

    咨询专业法律意见 ：可以向当地的法律援助机构或者专业律师咨询，进一步确认协议的效力。

    通过法律途径维护权益 ：如果学校坚持要求你赔偿，而你认为协议无效，你可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或者向人民法院提起诉讼，请求确认协议无效，无需支付赔偿。

   总之，你可以先尝试与学校友好协商解决问题，如果协商不成，要及时通过合法途径维护自己的权益。