当你已经偿还欠款，但起诉你的人不配合结案时，你可以采取以下几种措施来解决问题：

    与对方沟通协商

   尝试心平气和地再次联系起诉人，向其表明你已经按照约定履行了还款义务，提醒对方配合法院完成结案程序是其应尽的责任。通过沟通，了解对方不配合结案的原因，看是否存在误解或其他需求。如果是因为一些小问题，如费用未结清等，可协商解决，以促使对方配合。

    向法院提交还款证据

   1. 准备证据材料 ：收集能够证明你已经还款的相关证据，比如转账记录（银行转账凭证、电子支付记录等，上面应清晰显示转账时间、金额、双方账户信息）、收款收据（如果有对方出具的手写或打印的收款证明）、聊天记录（如果在还款过程中有与对方关于还款的沟通记录）等。

   2. 提交给法院 ：将准备好的证据提交给审理该案件的法院。你可以直接到法院的立案庭或者案件承办法官的办公室，向工作人员说明情况并递交证据。法院收到证据后，会对其进行审查。

    申请法院出具结案通知

   在向法院提交还款证据后，你可以书面申请法院根据已查明的还款事实出具结案通知。在申请中，详细说明还款的时间、方式、金额等情况，并附上相关证据材料。法院在核实情况后，如果认定你确实已经履行了还款义务，会依法作出结案处理，并出具结案通知。

    申请强制执行终结

   如果该案件进入了强制执行程序，你还款后对方不配合结案，你可以向法院执行部门提交还款证据，申请终结执行程序。法院执行部门在审查确认你已履行全部还款义务后，会依法裁定终结执行，并将相关信息录入执行案件管理系统，案件即视为结案。

    投诉与举报

   如果对方恶意不配合结案，故意拖延时间，严重影响你的合法权益，你可以向法院反映对方的不当行为。法院会根据具体情况对其进行批评教育，情节严重的，法院可能会对其采取相应的处罚措施。