学校以你高二住院为由扣留高中毕业证和档案的做法一般是不合理且不合法的。

    关于毕业证

   高中毕业证是对你完成高中阶段学业的证明。只要你修满规定的学分，通过相应的学业水平测试等毕业要求，学校就应当按照规定给你发放毕业证。身体原因住院并不构成扣留毕业证的合理理由。根据《中华人民共和国教育法》等相关规定，受教育者在完成规定的学业后，享有获得学业证书的权利。学校无权随意剥夺学生获得毕业证的权益。

    关于档案

   高中档案是学生个人成长经历等相关信息的重要记录，包含学生在高中阶段的学习成绩、奖惩情况等内容。档案应按照规定进行规范管理和流转。学校没有正当理由不能随意扣留学生档案。通常在学生完成高中学业后，档案会根据升学或就业等不同情况进行相应的处理。

   你可以采取以下措施来维护自己的权益：

   1. 与学校沟通 ：先尝试和学校相关负责人，比如班主任、教导主任等交流，向他们说明情况，表达你对毕业证和档案的合理诉求，询问扣留的原因和依据，并要求他们按照规定发放。

   2. 向教育部门反映 ：如果和学校沟通无果，你可以向当地的教育局、教育厅等教育主管部门反映情况，请求他们介入调查，督促学校依法办事。

   你能跟我再详细说一下学校扣留你毕业证和档案时具体给出的理由吗，这样能更好地帮你分析应对办法。