以下是针对你这种情况的详细分析及应对建议：

    关于合同违约金条款

   合同中约定了5万违约金，不过该约定并不一定就必然会被法律支持。依据《中华人民共和国民法典》相关规定，违约金的设定旨在弥补因违约行为所造成的损失。如果公司没有花费资金对你进行培养，也没有因你的离职遭受实际损失，那么5万的违约金数额可能过高。

   在司法实践中，若公司向法院主张违约金，法院通常会结合公司的实际损失来判定违约金是否合理。要是违约金明显高于实际损失，你可以请求法院予以适当减少。

    关于公司拖欠工资

   公司拖欠工资的行为已经违反了《中华人民共和国劳动合同法》。根据该法规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。同时，你也可以此为由解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。

    应对通知函的建议

   1. 仔细审查通知函内容 ：明确通知函里具体的要求和主张，比如要求你支付违约金的理由、金额计算方式等。

   2. 收集证据

    - 收集能够证明公司拖欠工资的证据，像工资发放记录、聊天记录、邮件等，以此证明公司存在违约在先的行为。

    - 搜集证明公司未对你进行资金培养的证据，例如公司没有为你安排专业培训、没有支付培训费用等相关材料。

   3. 与公司协商

    - 尝试与公司进行沟通协商，向公司说明其拖欠工资的行为已构成违约，你有权解除合同。

    - 表明公司并未因你的离职遭受实际损失，过高的违约金不合理，争取协商解决纠纷，避免进入法律程序。

   4. 法律途径

    - 如果协商不成，你可以考虑寻求法律帮助。可以向劳动监察部门投诉公司拖欠工资的行为，也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付拖欠的工资及经济补偿，并请求确认你无需支付违约金或者减少违约金数额。

   若你对具体的法律程序和操作不太熟悉，建议你咨询专业律师，以获得更准确和详细的法律建议。