在非通航水域进行非法营运的处罚，不同情况会依据不同的法律法规进行处理，以下为你详细介绍：

    涉及海上交通安全管理

   如果非通航水域涉及海上相关活动，可能会适用《中华人民共和国海上交通安全法 》。不过该法更多侧重于海上通航安全等管理，虽然没有直接针对非通航水域非法营运的明确条款，但违反海上交通相关规定可能受到处罚。

    处罚措施 ：对违法船舶的所有人、经营人或者管理人处三万元以上三十万元以下的罚款，对船长、责任船员或者其他责任人员，处三千元以上三万元以下的罚款；情节严重的，暂扣船长、责任船员的船员适任证书十二个月至二十四个月，直至吊销船员适任证书。

    涉及内河交通安全管理

   在一些类似内河的非通航水域，如果有非法营运船舶，《中华人民共和国内河交通安全管理条例》可以作为处罚依据。

    处罚措施 ：未经批准擅自设置或者撤销渡口的，由渡口所在地县级人民政府指定的部门责令限期改正；逾期不改正的，予以强制拆除或者恢复，因强制拆除或者恢复发生的费用分别由设置人、撤销人承担。对于船舶、浮动设施未持有合格的检验证书、登记证书或者船舶未持有必要的航行资料，擅自航行或者作业的，由海事管理机构责令停止航行或者作业；拒不停止的，暂扣船舶、浮动设施；情节严重的，予以没收。

    涉及交通运输管理

   如果非通航水域的非法营运涉及旅客运输或货物运输，违反了道路运输或水路运输相关管理规定，可能依据《中华人民共和国道路运输条例》《国内水路运输管理条例》等进行处罚。

    针对水路运输非法营运 ：未依法取得水路运输业务经营许可，擅自从事水路运输经营的，由负责水路运输管理的部门责令停止经营，没收违法所得，违法所得超过10万元的，处违法所得1倍以上5倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足10万元的，处5万元以上10万元以下的罚款。

    涉及人员资质问题 ：从事水路运输经营的船员未取得船员适任证书或者其他适任证件的，由海事管理机构责令改正，对违法船舶处2000元以上2万元以下的罚款；情节严重的，禁止船舶进出港口或者责令停航，并可以对责任船员给予暂扣适任证书或者其他适任证件6个月以上直至吊销适任证书或者其他适任证件的处罚。