父亲强奸亲生女儿这类刑事案件的结案时间并没有固定标准，会受到多种因素的影响，以下为你详细介绍各阶段及大致时间：

    侦查阶段

    一般情况 ：对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过二个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月。

    特殊情况 ：对于交通十分不便的边远地区的重大复杂案件、重大的犯罪集团案件、流窜作案的重大复杂案件、犯罪涉及面广，取证困难的重大复杂案件，经省、自治区、直辖市人民检察院批准或者决定，可以延长二个月。如果犯罪嫌疑人可能判处十年有期徒刑以上刑罚，依照上述规定延长期限届满，仍不能侦查终结的，经省、自治区、直辖市人民检察院批准或者决定，可以再延长二个月。

    补充侦查 ：如果侦查过程中需要补充侦查，补充侦查以二次为限，每次补充侦查的期限是一个月。

    审查起诉阶段

    一般情况 ：人民检察院对于监察机关、公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长十五日。

    特殊情况 ：犯罪嫌疑人认罪认罚，符合速裁程序适用条件的，应当在十日以内作出决定，对可能判处的有期徒刑超过一年的，可以延长至十五日。

    补充侦查 ：人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

    审判阶段

    一审普通程序 ：人民法院审理公诉案件，应当在受理后二个月以内宣判，至迟不得超过三个月。对于可能判处死刑的案件或者附带民事诉讼的案件，以及有《刑事诉讼法》第一百五十八条规定情形之一的（即上述侦查阶段提到的四类重大复杂案件），经上一级人民法院批准，可以延长三个月；因特殊情况还需要延长的，报请最高人民法院批准。

    一审简易程序 ：适用简易程序审理案件，人民法院应当在受理后二十日以内审结；对可能判处的有期徒刑超过三年的，可以延长至一个半月。

    一审速裁程序 ：适用速裁程序审理案件，人民法院应当在受理后十日以内审结；对可能判处的有期徒刑超过一年的，可以延长至十五日。

    二审程序 ：第二审人民法院受理上诉、抗诉案件，应当在二个月以内审结。对于可能判处死刑的案件或者附带民事诉讼的案件，以及有《刑事诉讼法》第一百五十八条规定情形之一的，经省、自治区、直辖市高级人民法院批准或者决定，可以延长二个月；因特殊情况还需要延长的，报请最高人民法院批准。

   父亲强奸亲生女儿属于严重犯罪，司法机关通常会依法加快办案流程，但由于案件可能涉及诸多调查取证、鉴定等工作，具体的结案时间会因案件实际情况存在较大差异。