非婚生子持出生证明上男方户口时被要求做亲子鉴定，通常有以下几方面原因：

    防止户籍管理漏洞

    避免虚假出生证明 ：在现实中，存在一些利用虚假出生证明来为孩子落户的情况。非婚生育本身情况相对复杂，可能存在有人为了达到让孩子落户到男方户口的目的，而使用伪造或篡改的出生证明。通过亲子鉴定，可以从生物学角度确定孩子与男方的亲子关系，确保落户信息的真实性和准确性，防止非法落户行为破坏户籍管理秩序。

    明确实际亲子关系 ：出生证明虽然是孩子出生的一种证明文件，但它并不能完全排除登记信息错误或故意错报父亲信息的可能性。在非婚生育场景下，可能存在多种复杂情况导致出生证明上登记的父亲信息不准确。例如，母亲可能出于某些原因，错误登记或故意登记他人为孩子的父亲。所以需要通过亲子鉴定来确定真正的亲子关系。

    遵循户籍政策规定

    完善落户程序 ：为了规范户籍管理，各地政府制定了相应的户籍政策。对于非婚生子女落户问题，很多地方要求提供亲子鉴定报告作为必要的证明材料之一，这是为了统一和完善落户程序，确保每一个落户行为都有充分、可靠的依据。

    保障权益和公平性 ：亲子鉴定可以保障孩子和相关当事人的合法权益。对于男方来说，通过亲子鉴定可以确认自己与孩子的亲子关系，避免承担不必要的抚养责任；对于孩子而言，准确的亲子关系认定有助于其享受相应的权益，如继承权等。同时，严格的落户政策也维护了社会的公平性，防止有人利用户籍管理的漏洞获取不当利益。