非婚生子有出生证明但上男方户口仍要求做亲子鉴定，主要基于以下几方面原因：

    防止户籍管理漏洞

    避免虚假申报 ：非婚生育的情况下，可能存在一些人出于各种目的，比如为了让孩子获得更好的教育资源、福利等，而虚假申报孩子与男方的亲子关系。通过亲子鉴定可以有效防止这种虚假申报行为，确保户籍信息的真实性和准确性。

    保障户籍信息安全 ：户籍管理是社会管理的重要基础，准确的户籍信息对于国家的人口统计、公共服务分配等都至关重要。亲子鉴定能够为孩子与男方之间的亲子关系提供科学、准确的证明，维护户籍管理的正常秩序和安全。

    明确亲子关系

    出生证明的局限性 ：虽然出生证明是孩子出生的重要凭证，但它本身并不一定能完全准确地反映亲子关系。在非婚生育过程中，可能存在信息登记错误、隐瞒真实情况等问题，仅凭出生证明不能确凿地证明孩子与男方的生物学亲子关系。

    法律要求 ：从法律层面来看，为了保障男方和孩子的合法权益，明确亲子关系是十分必要的。亲子鉴定的结果具有法律效力，可以在涉及抚养权、继承权等问题时提供有力的证据，避免日后可能出现的纠纷。例如，若男方日后涉及财产继承等问题，有亲子鉴定证明亲子关系，能更明确孩子在法律上的地位和权益。

    遵循相关政策规定

   目前各地户籍管理部门通常会依据相关政策规定，要求非婚生子女上男方户口时提供亲子鉴定报告。这些政策旨在规范户籍登记流程，确保每一个户籍登记都有可靠的依据，防止因亲子关系不明确而引发一系列社会问题。不同地区的具体政策可能会有所差异，但总体上都是为了维护社会秩序和保障公民权益。