非婚生子有出生证明但上男方户口仍需亲子鉴定，主要基于以下几方面原因：

    防止虚假申报户口

   在非婚生育的情况下，存在个别人员为了各种目的（如获取拆迁补偿、为他人孩子落户等），利用虚假的出生证明为孩子申报户口。通过亲子鉴定可以准确确定孩子与男方之间的生物学亲子关系，避免虚假落户情况的发生，保证户籍信息的真实性和准确性。

    明确亲子关系

   虽然有出生证明，但出生证明仅能证明孩子出生的事实以及记录相关出生信息，不能确凿地证明孩子与男方存在生物学上的亲子关系。在非婚生育场景下，男女双方关系较为复杂，可能存在孩子实际父亲并非出生证明上登记男方的情况。而亲子鉴定是目前最科学、准确的认定亲子关系的方法，只有通过亲子鉴定，才能在法律上明确男方与孩子的亲子关系，进而为孩子办理户口登记。

    遵循户籍管理规定

   为了规范户籍管理，公安机关在办理非婚生子女户口登记时，通常会要求提供亲子鉴定报告。这是为了遵循相关法律法规和户籍政策的要求，确保户口登记的严谨性和合法性。不同地区的户籍管理规定可能会有所差异，但总体来说，亲子鉴定是常见的要求之一，目的是维护户籍管理秩序和社会公共利益。

   如果遇到这种情况，你可以按照当地户籍部门的要求，到具有资质的鉴定机构进行亲子鉴定，然后凭鉴定报告等相关材料为孩子办理户口登记。