非婚生子有出生证明但上男方户口时仍要求做亲子鉴定，主要有以下几方面原因：

    防止冒用身份及户籍管理需要

    防止冒认身份 ：在非婚生育的情况下，可能存在为了某些利益（如获取拆迁补偿、享受教育资源等）而冒用他人身份信息将孩子户口登记在男方名下的情况。通过亲子鉴定，可以准确确定孩子与男方之间是否存在生物学上的亲子关系，避免虚假申报户口，保障户籍信息的真实性和准确性。

    完善户籍管理制度 ：户籍管理是国家行政管理的重要组成部分，对于人口的统计、管理和公共服务的提供具有重要意义。要求进行亲子鉴定是户籍管理部门严格把关的一种方式，以确保户籍登记的信息与实际的亲属关系相符，维护户籍管理制度的严肃性和权威性。

    出生证明信息可能存在误差

    信息登记有误 ：虽然出生证明是孩子出生情况的重要凭证，但在实际生活中，出生证明上的信息可能由于各种原因出现登记错误。例如，医护人员的疏忽、产妇提供信息不准确等，都可能导致出生证明上孩子父亲的信息与实际生物学父亲不一致。进行亲子鉴定可以核实出生证明上父亲信息的真实性。

    隐瞒真实情况 ：在非婚生育的复杂情况下，存在女方隐瞒孩子真实父亲信息的可能性。比如，女方可能出于某些原因（如不想让真正的父亲承担责任、为了给孩子一个“名分”等），在出生证明上填写了错误的父亲信息。亲子鉴定能够揭示孩子与男方是否存在真正的亲子关系，避免错误的户籍登记。

    法律程序要求及权益保障

    遵循法律规定 ：为了规范户口登记行为，保障公民的合法权益，相关法律法规对非婚生子女户口登记有明确的规定。在一些情况下，要求提供亲子鉴定报告是符合法律程序的必要步骤，以确保户口登记行为的合法性和规范性。

    保障各方权益 ：对于男方来说，通过亲子鉴定可以确认自己是否为孩子的生物学父亲，避免在不知情的情况下承担不属于自己的抚养责任。同时，对于孩子而言，准确的户籍登记有助于其合法权益的保障，如获得相应的社会保障、教育权利等。此外，也能保障其他家庭成员的合法权益，避免因错误的户籍登记引发家庭财产继承等方面的纠纷。