非婚生子有出生证明但上男方户口仍要求做亲子鉴定，主要有以下几方面原因：

    防止户籍管理漏洞

    避免虚假申报 ：在非婚生育的情况下，可能存在一些人出于各种目的，例如为了获取某些福利、解决上学等问题，而虚假申报孩子与男方的亲子关系。要求进行亲子鉴定能够从科学层面准确确认亲子关系的真实性，杜绝这种虚假申报行为，维护户籍管理的严谨性和公正性。

    保障户籍信息准确 ：准确的户籍信息对于国家的人口管理、公共资源分配等至关重要。通过亲子鉴定，可以确保孩子与男方的亲子关系得到科学验证，使户籍登记的信息真实可靠，为后续的社会管理和公共服务提供准确的数据基础。

    明确法律责任和权益

    确定法定抚养义务 ：对于非婚生子，通过亲子鉴定确定亲子关系后，男方就需要依法承担相应的抚养责任。这保障了孩子获得合理抚养和教育的权利，避免出现男方逃避抚养义务的情况。

    保障继承权等权益 ：亲子鉴定也是明确孩子在男方家族中的身份，保障孩子在财产继承等方面的合法权益。如果没有准确的亲子关系证明，在涉及遗产继承等问题时可能会引发诸多纠纷和法律问题。

    出生证明的局限性

   虽然出生证明是孩子出生的重要凭证，但它主要是记录孩子的出生时间、地点等基本信息。在非婚生育的情况下，出生证明可能无法直接、确凿地证明孩子与男方的亲子关系。因为出生证明上父亲信息的填写可能存在误差或不真实的情况，所以需要通过亲子鉴定这一科学手段来进一步明确亲子关系。

   如果遇到这种情况，建议你积极配合完成亲子鉴定，以顺利为孩子办理落户手续。同时，若对亲子鉴定的流程、费用等方面存在疑问，也可以咨询当地户籍管理部门或专业律师。