非婚生子女有出生证明但上男方户口时仍要求做亲子鉴定，主要有以下几方面原因：

    防止户籍管理混乱和虚假申报

   1. 避免冒名登记 ：出生证明虽然是孩子出生的一种证明文件，但它存在被伪造、篡改或者信息错误的可能性。通过亲子鉴定，可以准确地确定孩子与申报户口的男方之间是否存在生物学上的父子关系，防止有人利用虚假的出生证明将孩子户口错误登记在男方名下，从而维护户籍管理的准确性和严肃性。

   2. 杜绝他人利用漏洞 ：在一些情况下，可能会有人出于各种目的，如获取某些福利、逃避计划生育政策等，试图通过虚假的亲子关系将孩子户口登记在男方名下。亲子鉴定是一种科学、可靠的鉴定方式，能够有效避免这种情况的发生，保证户籍信息的真实性。

    保障男方及孩子的合法权益

   1. 明确亲子关系 ：对于男方来说，进行亲子鉴定可以从法律和科学的角度明确自己与孩子的亲子关系。在一些非婚生育的情况下，男方可能对孩子是否为自己亲生存在疑问，亲子鉴定的结果可以帮助男方确认亲子关系，从而更好地履行自己的权利和义务。

   2. 保障孩子权益 ：对于孩子而言，准确的亲子关系认定有助于其在未来享有应有的权益，如继承权、抚养费的主张等。通过亲子鉴定确定与男方的亲子关系，孩子在法律上能够得到更明确的身份认定，其合法权益也能得到更有效的保障。

    符合相关政策和法律规定

   不同地区的户籍管理政策可能会有所差异，但一般来说，为了规范户籍登记工作，保障人口信息的准确和安全，对于非婚生子女上户口往往会有更为严格的要求。亲子鉴定作为一种能够准确确定亲子关系的手段，被纳入到非婚生子女上户口的程序中，是为了确保整个户籍登记过程符合法律规定和政策要求。