非婚生子有出生证明但上男方户口仍要求做亲子鉴定，主要有以下几方面原因：

    防止虚假申报户口

    出生证明可能存在问题 ：虽然出生证明是孩子出生的重要凭证，但在实际生活中，可能存在虚假出生证明或不规范开具出生证明的情况。例如，有人可能为了给孩子上户口而伪造或篡改出生证明信息。要求进行亲子鉴定可以有效核实孩子与男方之间的生物学亲子关系，确保户口登记信息的真实性和准确性，防止他人利用虚假证明骗取户口。

    避免冒认关系 ：有些情况下可能存在冒认亲子关系的现象。比如，为了某些利益目的，如获取财产继承权、享受相关福利政策等，有人可能会声称孩子是某男子的非婚生子并试图将孩子户口落在该男子名下。通过亲子鉴定能准确判断亲子关系，杜绝此类不当行为。

    遵循户籍管理规定

    明确户籍责任 ：在非婚生育的情况下，孩子的家庭关系可能相对复杂。户籍管理部门需要准确确定孩子的法定监护人，以明确户籍管理中的各项责任和义务。亲子鉴定结果能够为确定孩子与男方的亲子关系提供科学依据，使户籍登记更加严谨规范。

    统一规范操作 ：为了保证户籍管理工作的统一性和规范性，相关部门制定了一系列规定和流程。要求非婚生子上男方户口进行亲子鉴定是其中的一项常见要求，这样可以避免不同地区、不同工作人员在处理同类问题时出现标准不一致的情况，确保户籍管理工作的公平公正和有序进行。

    保障各方合法权益

    维护男方权益 ：进行亲子鉴定可以让男方明确自己是否确实与孩子存在亲子关系。如果在没有经过准确鉴定的情况下就将孩子户口登记在男方名下，可能会给男方带来不必要的法律责任和经济负担。例如，男方可能需要承担抚养义务等。通过亲子鉴定，男方可以在明确亲子关系的基础上，合理地维护自己的权益。

    保障孩子权益 ：准确的亲子关系认定对于孩子的权益保障也至关重要。只有确定了亲子关系，孩子才能依法享有相应的权利，如继承权、受抚养权等。同时，亲子鉴定结果也有助于为孩子建立完整、准确的身份信息，为其未来的学习、生活和发展提供保障。