非婚生子女有出生证明但在办理上男方户口时仍被要求做亲子鉴定，通常有以下几方面原因：

    规范户籍管理，防止户籍登记错误或违规行为

    出生证明信息可能不准确

   出生证明虽然是孩子出生的重要凭证，但它所记录的信息是基于父母的申报。在非婚生育的情况下，可能存在信息申报不准确的情况。比如，母亲可能由于各种原因误将他人登记为孩子的父亲，或者为了给孩子上户口而随意填写父亲信息。通过亲子鉴定可以核实孩子与申报父亲之间是否存在真实的血缘关系，确保户籍信息的准确性和真实性。

    防止非法落户

   一些人可能会利用虚假的出生证明为他人子女非法落户，以获取某些利益或规避法律责任。要求进行亲子鉴定是公安机关为了防止这种非法行为的发生，保障户籍管理的规范性和严肃性。

    保障相关权益和法律关系的明确性

    确定父子关系的法律依据

   在法律上，亲子关系的确定对于孩子的权益保障至关重要。非婚生子女与婚生子女享有同等的权利，但要确保这些权利的实现，需要明确其亲子关系。亲子鉴定能够提供科学、准确的证据，确定孩子与父亲之间的血缘关系，从而为孩子在继承、抚养等方面的权益提供法律保障。

    维护父亲的合法权益

   对于男方来说，进行亲子鉴定也是对其合法权益的一种保护。如果没有经过科学的鉴定就将孩子的户口登记在自己名下，可能会在未来引发一系列的法律纠纷和责任问题。通过亲子鉴定，可以让男方在确认亲子关系的基础上，依法承担相应的责任和义务。

    遵循相关政策和法规要求

    各地户籍政策规定

   不同地区的户籍管理政策可能会有所差异，有些地方为了加强对非婚生子女落户的管理，明确要求提供亲子鉴定证明。这是地方政府根据本地实际情况制定的具体政策，旨在规范户籍登记程序，确保人口信息的准确统计和管理。

    国家相关法律规定

   虽然目前并没有统一的全国性法律明确规定非婚生子女上户口必须做亲子鉴定，但在实际操作中，依据《关于解决无户口人员登记户口问题的意见》等相关政策精神，公安机关为了保障公民合法权益、维护社会秩序，会采取必要的措施核实亲子关系，亲子鉴定就是其中一种常见且有效的方式。