非婚生子有出生证明但上男方户口时仍要求做亲子鉴定，主要基于以下几方面原因：

    防止户籍管理漏洞

    避免虚假出生证明 ：虽然出生证明是孩子出生的重要凭证，但在现实中存在伪造、变造出生证明的情况。一些人为了达到给孩子上户口等目的，可能会非法获取虚假的出生证明。要求进行亲子鉴定可以进一步核实孩子与男方之间的生物学亲子关系，防止利用虚假出生证明违规落户，维护户籍管理的准确性和严肃性。

    防止冒名顶替 ：可能存在他人冒用男方名义为孩子办理出生证明的情况，比如在一些复杂的家庭关系或利益纠葛中，有人试图将孩子的户口落在男方名下。通过亲子鉴定能够准确确定亲子关系，避免冒名顶替的现象发生，保障户籍信息的真实性。

    遵循法律规定和政策要求

    明确法律责任和权利义务 ：在非婚生育的情况下，法律需要明确孩子的生物学父亲，以确定双方的法律责任和权利义务。通过亲子鉴定可以在法律层面确定亲子关系，为男方在抚养、教育、监护等方面的责任提供依据，同时也保障孩子享有相应的权益，如继承权等。

    符合户籍登记政策 ：各地的户籍登记政策通常会对非婚生子女落户作出严格规定。由于非婚生子女的出生情况相对复杂，为了确保户籍登记的准确性和合法性，要求进行亲子鉴定是常见的做法。这有助于规范户籍管理，防止因非婚生育导致的户籍混乱和管理难题。

    保障各方权益

    保护男方权益 ：对于男方来说，亲子鉴定可以确保他对孩子的生物学亲子关系有明确的认知。在承担抚养等责任之前，通过科学的鉴定手段确认亲子关系，避免误认亲子关系而承担不必要的责任。

    保护孩子权益 ：准确的亲子关系认定有助于保障孩子在社会福利、教育、医疗等方面享受到应有的权益。例如，孩子可以基于与男方的亲子关系获得相应的社会保障和福利，同时也有利于孩子建立完整的身份认同。