通常情况下，员工辞职时，用人单位应当在解除劳动合同时一次性付清劳动者工资。以下从法律依据、特殊情况为你详细介绍：

    法律依据

   根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。

   《中华人民共和国劳动合同法》第五十条也明确规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。

    特殊情况

    工资结算周期和流程 ：虽然法律要求一次性付清工资，但在实际操作中，有些用人单位可能由于工资结算周期、财务流程等原因，无法在员工离职当天立即结清工资。只要用人单位能在合理时间内支付工资，并且与劳动者达成一致，也是被允许的，但这个合理时间一般不应超过下一个工资发放日。

    工作交接未完成 ：如果劳动者没有按照约定完成工作交接，给用人单位造成损失的，用人单位可能会暂扣工资以弥补损失，但必须有充分的证据证明损失的存在和具体金额，并且应遵循法律规定的程序。否则，随意克扣工资属于违法行为。