信用社扣留政府补贴是否合法需要分情况来看：

    合法的情况

   如果借款人与信用社签订的相关借款合同或协议中明确约定，当借款人出现逾期还款等违约情形时，信用社有权从借款人在该社的账户中扣划资金用于偿还欠款，且政府补贴款项发放至该账户。在这种情况下，若借款人存在违约未偿还信用社贷款等债务，信用社按照合同约定进行扣留用于抵偿欠款，通常是合法的。

   例如，张三在信用社贷款10万元，贷款合同中明确约定若张三逾期还款，信用社有权从其在该社的任何账户中扣划资金还款。后来张三逾期未还款，此时政府发放给张三的农业补贴打到了其在该信用社的账户，信用社依据合同约定扣留该补贴用于偿还贷款，这种行为在合同框架内是有一定合法性的。

    不合法的情况

    无合同约定 ：如果没有相关合同约定信用社可以扣划政府补贴款项，那么信用社擅自扣留政府补贴是不合法的。政府补贴是政府为了特定目的向特定对象发放的资金，专款专用，信用社无权随意扣留。

    违反法定程序 ：即使有合同约定，但如果信用社在扣留补贴时没有遵循法定的程序，如未提前通知借款人等，也可能被认定为不合法。

    补贴性质特殊 ：某些政府补贴具有特定的保障性质，如低保补贴、特困人员供养补贴等，这些补贴是为了保障特定人群的基本生活，法律通常禁止对其进行随意扣划，信用社即使有合同约定也不能扣留这类补贴。

   如果遇到信用社不合理扣留政府补贴的情况，当事人可以与信用社协商解决，若协商不成，可以向相关金融监管部门投诉，也可以通过法律途径，向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。