遇到这种情况，你可以按以下步骤来处理：

    收集证据

   1. 合同类证据 ：查看你与老板签订的承包合同，确认合同中对于双方权利义务、停工情形、费用结算等方面的具体约定。这是解决纠纷的关键依据。

   2. 停工证据

    - 对于村民纠纷导致的停工，收集相关的沟通记录、村民阻止施工的照片或视频等，证明并非你方原因造成的停工。

    - 对于挖机问题导致的停工，收集挖机故障维修记录、维修人员的证明等，以证明停工是挖机故障等客观原因所致。

   3. 树木吨数证据 ：收集山上剩余未拉完树木的相关资料，比如砍伐前对树木数量、规格的统计记录、已经拉走树木的运输单据等，以此确定未拉走树木的大致吨数。

    与老板协商

   1. 沟通停工原因 ：主动与老板进行沟通，向其说明停工的具体情况，包括村民纠纷导致的停工以及挖机故障导致的停工，强调这两种情况都并非你主观故意造成的。

   2. 提出解决方案 ：表明你愿意承担合理范围内的责任，但对于不合理的亏吨扣款要求坚决拒绝。建议根据实际情况，重新核算损失，例如因挖机问题导致的停工，你可以适当承担一定比例的费用；而因村民纠纷导致的停工不应由你承担责任。

   3. 明确计算方式 ：要求老板提供亏吨钱的具体计算方式和依据。查看其计算是否合理，如果老板无法提供合理的计算方式，那么其要求扣钱的主张就缺乏事实支撑。

    寻求第三方调解

   如果与老板协商不成，可以寻求第三方的调解，比如请当地的林业部门、村委会等介入。

   1. 林业部门 ：他们在林业承包活动中有一定的监管和协调职责，能从专业和中立的角度进行调解，促使双方达成合理的解决方案。

   2. 村委会 ：作为基层组织，对当地情况比较了解，且在处理村民纠纷方面有一定的经验和权威性，由村委会出面调解能更好地平衡各方利益。

    法律途径

   如果经过协商和调解都无法解决问题，你可以考虑通过法律途径维护自己的权益。

   1. 发送律师函 ：可以委托律师向老板发送律师函，明确指出其扣钱行为缺乏事实和法律依据，要求其停止不合理扣款，并妥善解决纠纷。律师函具有一定的威慑力，有时能促使老板重新考虑你的诉求。

   2. 提起诉讼 ：若律师函未能解决问题，你可以向法院提起诉讼。在诉讼过程中，你需要将之前收集的证据提交给法院，证明停工的原因、树木吨数等情况，请求法院依法判决老板不应当扣除不合理的亏吨钱，并要求其按照合同约定支付相应的款项。