以下从几个方面为你分析员工满分学习费用承担以及酒驾相关费用和责任的问题：

    满分学习费用

   满分学习通常涉及到重新参加科目一甚至其他科目的培训和考试，这些费用的承担需要根据你与员工之间的具体关系和约定来确定：

    有明确约定的情况

    - 如果你和员工之间有书面合同或者口头约定，明确了在工作过程中因员工违规驾驶导致的各类费用（包括满分学习费用）由谁承担，那么按照约定执行。例如，合同中写明员工在工作期间违法驾驶产生的所有费用由员工自行承担，那么满分学习费用自然应由员工负担。

    没有约定的情况

    - 从公平和过错原则来看，由于是员工酒驾导致需要进行满分学习，员工存在重大过错。一般情况下，应由员工承担满分学习所产生的费用。满分学习的费用主要包括驾校的培训费用、考试费用等，不同地区和驾校收费标准不同，可能在几百元到数千元不等。你之前替他交的1000元，如果是用于满分学习相关，可要求员工偿还。

    车辆罚款和扣分问题

    罚款 ：因为是员工酒驾导致车辆被罚款1000元，这一罚款理应由员工承担。你可以向员工追讨这1000元罚款。根据《中华人民共和国道路交通安全法》规定，饮酒后驾驶机动车的，处暂扣六个月机动车驾驶证，并处一千元以上二千元以下罚款。所以此次罚款是符合法律规定的。

    扣分 ：扣的12分是记在驾驶人（即该员工）的驾驶证上，而不是车辆上。员工需要按照规定参加满分学习和考试，考试合格后，记分才会清除，驾驶证才能恢复正常使用。

    追讨费用的方式

    协商解决 ：你可以先与员工友好协商，向他说明费用的情况和依据，要求他偿还你垫付的1000元以及承担后续满分学习的费用和车辆罚款。

    法律途径 ：如果协商不成，你可以收集相关证据，如酒驾的处罚通知、你垫付费用的凭证等，向人民法院提起民事诉讼，要求员工偿还相关费用。