修改别人公司的营业执照资质证书属于严重的违法行为，可能会面临一系列法律风险，以下是你可以采取的应对措施：

    立即停止相关行为

   如果修改行为还未完成或者还有后续可能涉及的修改操作，要马上停止，避免错误进一步扩大。

    主动与老板沟通

    表明违法性 ：以恰当的方式向老板说明修改他人公司营业执照资质证书是违法的行为，可能会给公司和个人带来严重的法律后果，如面临行政处罚甚至刑事处罚。

    提出解决方案 ：与老板共同探讨是否有合法合规的途径来解决原本需要通过修改证书来达成的目的。例如，如果是为了获取业务合作而需要相关资质，可考虑通过合法的合作、授权或者自身申请相应资质等方式。

    保留相关证据

    记录沟通情况 ：将与老板沟通此事的时间、地点、内容等详细记录下来，最好能有书面记录或者通过短信、邮件等方式沟通，以便留存证据。

    保留修改痕迹 ：如果可能的话，保留修改过程中的相关文件、操作记录等，这些证据在后续可能会证明你的行为是在老板要求下进行的，对你的责任认定有一定帮助。

    向相关部门报告

    考虑内部报告 ：如果公司有合规部门或者内部监督机制，可以向其报告此事，让公司内部采取措施进行纠正和处理，避免问题进一步恶化。

    外部报告 ：如果老板不听从劝告，执意要求继续违法操作，或者你认为问题比较严重，你可以向当地的市场监督管理部门报告情况。虽然你参与了修改行为，但主动报告并配合调查，在一定程度上可以减轻你的法律责任。

    咨询专业律师

   鉴于此事的法律风险较高，你可以尽快咨询专业律师，向律师详细描述事情的经过和具体情况，律师会根据实际情况为你提供更准确的法律建议和应对方案，帮助你最大程度地降低法律风险。

   需要注意的是，根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十二条规定，伪造、变造或者买卖国家机关、人民团体、企业、事业单位或者其他组织的公文、证件、证明文件、印章的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处一千元以下罚款；情节较轻的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。如果情节严重，还可能触犯《中华人民共和国刑法》中关于伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪等相关罪名。