初创公司遇到知识产权被盗，应采取以下措施来维护自身权益：
一、明确侵权事实与收集证据

1. 明确知识产权类型：首先，需明确自身所拥有的知识产权类型，如著作权、商标权或专利权，以便针对性地采取维权措施。
2. 全面收集证据：证据是维权成功的关键。应收集三类证据：权利证据（如商标注册证书、专利证书等）、侵权证据（如侵权产品实物、销售记录、网络截图等）及赔偿证据（如因侵权导致的实际损失或侵权方所获利益的财务数据）。
   二、尝试协商与和解
3. 发送律师函：在掌握充分证据后，可聘请专业律师起草律师函，明确指出侵权行为并要求停止侵害、协商赔偿。
4. 协商谈判：与侵权方进行友好协商，提出合理的解决方案，如停止侵权、销毁侵权产品、经济赔偿等，以达成双方都能接受的协议。
   三、寻求行政与司法救济
5. 行政投诉：若协商无果，可向相关行政主管部门投诉，请求其对侵权行为进行查处。具体投诉部门根据知识产权类型而定，如商标侵权可向市场监督管理部门投诉。
6. 司法诉讼：若行政投诉仍无法解决问题，可向人民法院提起诉讼，要求侵权方承担停止侵权、赔偿损失等法律责任。诉讼过程中需准备充分的证据材料，并遵循法院的诉讼程序。
   四、加强内部管理与预防
7. 建立健全管理制度：加强内部知识产权管理，明确员工职责和权限，防止内部泄露。
8. 及时申请保护：为创新成果及时申请专利、商标、著作权等保护，构建全面的知识产权保护网。