司法机关对假冒注册商标的合格商品的处理主要依据《中华人民共和国刑法》第二百一十四条，具体处理方式如下：
一、刑事处罚的判定

1. 基本处罚标准：根据《中华人民共和国刑法》第二百一十四条，销售明知是假冒注册商标的商品，违法所得数额较大或者有其他严重情节的，司法机关将处三年以下有期徒刑，并处或者单处罚金。若违法所得数额巨大或者有其他特别严重情节，则处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
2. 数额与情节认定：销售金额在五万元以上的，视为“数额较大”；销售金额在二十五万元以上的，则属于“数额巨大”。同时，若假冒注册商标的商品尚未销售，但货值金额在十五万元以上，或已销售金额与未销售货值合计达十五万元以上，也构成犯罪。
   二、特殊情形的处理
3. 尚未销售情形的认定：对于假冒注册商标的商品尚未销售，但货值金额达到一定标准的，司法机关将以销售假冒注册商标的商品罪（未遂）定罪处罚。
4. 明知情形的认定：司法机关在认定“明知”时，会综合考虑多种因素，如犯罪嫌疑人是否知道或应当知道销售的是仿冒品，是否因销售假冒商品受过行政处罚或民事责任后又再次销售等。
   三、量刑时的综合考量
   司法机关在具体量刑时，会综合考虑犯罪情节、被告人的认罪态度、是否有悔罪表现以及是否积极赔偿被害人损失等多种因素，以确保量刑的公正性和合理性。