双方签订的协议若包含违法行为，则该协议通常不具有法律效力。以下是对此问题的详细分析：

一、协议有效的基本条件

1. 行为人具有相应的民事行为能力：签订协议的双方需具备完全民事行为能力，否则协议可能无效或效力待定。
2. 意思表示真实：协议内容需是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
3. 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，民事法律行为若违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗，则无效。
4. 符合法定形式：某些合同需采用书面形式或其他特定形式才有效。

二、涉及违法的协议效力

1. 违法内容导致协议无效：若协议内容直接违反法律、行政法规的强制性规定，如以合法形式掩盖非法目的、损害国家利益或社会公共利益，则整个协议很可能被视为无效。
2. 违法部分与合法部分的区分：若协议的违法部分可以与其他合法部分相区分，并且不影响其他部分的效力，那么合法部分仍然可能有效。但违法部分将被视为无效，且可能影响整个协议的履行和效力。

三、特殊情况下的协议效力

1. 签订过程中的违法行为：若协议签订过程中存在欺诈、胁迫或恶意串通等行为，导致对国家、集体或第三方造成实质性伤害，这样的协议同样会被视为无效。
2. 可撤销情况：若协议存在重大误解或明显不公等情形，当事人有权行使撤销权，使协议失去法律效力。