竣工验收合格的工程，可以对全案申请是否偷工减料的司法鉴定申请。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第八百零一条，因施工人的原因致使建设工程质量不符合约定的，发包人有权请求施工人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。此条款表明，若存在质量问题，发包人有权采取行动，而申请司法鉴定是确认问题是否存在及程度的重要手段。
二、申请鉴定的必要性：

1. 进一步明确质量状况：即便工程整体被判定为合格，也可能存在局部或隐蔽工程的质量状况不清晰的情况。通过专业的司法鉴定，可以更深入、准确地了解这些部位的真实质量状况。
2. 质量争议解决：在涉及多方利益主体的工程项目中，对工程质量的认定标准可能存在分歧。此时，申请专业鉴定能够提供一个客观、权威的判断依据，帮助各方化解争议，明确责任归属。
   三、申请鉴定的流程与注意事项：
3. 选择鉴定机构：应选择具备相应资质和良好信誉的鉴定机构，以确保鉴定结果的公正性和权威性。
4. 遵循法定程序：包括提交申请、准备相关材料、配合鉴定机构进行检查和测试等步骤。
5. 法律咨询：在申请鉴定前，建议咨询专业的法律顾问或律师，以便更好地了解鉴定的法律程序和可能涉及的法律问题。