中标后发现投标文件有证书造假，中标无效，且将面临一系列严重的法律后果。以下是对此问题的详细解答：
一、中标无效
根据《中华人民共和国招标投标法》第五十四条，投标人以他人名义投标或者以其他方式弄虚作假，骗取中标的，中标无效。这意味着，一旦发现投标文件中的证书存在造假行为，无论项目是否已经进入实施阶段，中标结果都将被撤销，投标人不能获得相应的项目合同。
二、民事责任
- 赔偿损失：因投标文件证书造假给招标人造成损失的，投标人需依法承担赔偿责任。这包括招标人因重新组织招标而产生的额外费用，以及其他投标人因参与无效招标而产生的成本损失。
- 赔偿范围：赔偿范围不仅限于直接经济损失，还可能包括因项目延误给招标人带来的预期利益损失等间接损失。
三、行政处罚
- 罚款：对于依法必须进行招标的项目，如果投标人有弄虚作假等违法行为但尚未构成犯罪，行政监督部门将对其处以中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款。
- 对责任人员的罚款：同时，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员，将处以单位罚款数额百分之五以上百分之十以下的罚款。
- 没收违法所得：如果投标人通过造假行为获得了违法所得，这些所得将被并处没收。
- 取消投标资格：情节严重的，投标人将被取消其一年至三年内参加依法必须进行招标的项目的投标资格，并予以公告。
- 吊销营业执照：在极端情况下，如果造假行为特别严重，工商行政管理机关有权吊销投标人的营业执照，限制其市场经营活动。
四、刑事责任
如果投标文件证书造假行为情节特别严重，可能触犯《中华人民共和国刑法》，构成串通投标罪或合同诈骗罪等罪名。根据犯罪情节的严重程度，投标人可能面临有期徒刑、拘役，并处罚金等刑罚。
五、应对措施与建议
- 立即配合调查：一旦发现投标文件中的证书存在造假行为，投标人应立即配合招标人、行政监督部门等的调查工作，如实提供相关情况和资料。
- 主动承担责任：投标人应主动承认错误，诚恳道歉，并承担相应的法律责任和赔偿责任，以减轻处罚并努力恢复声誉。
- 加强内部管理：投标人应进行全面的内部整改，完善投标管理和诚信建设制度，加强对投标文件编制过程的审核和监督，确保今后投标活动的真实性和合法性。
- 寻求法律帮助：在处理此类问题时，投标人应聘请专业律师提供法律支持和辩护，以维护自身的合法权益。
