与总包、发包签订三方合同后，又与总包签订两方合同，两份合同的效力需根据具体情况分析。以下是对此问题的详细分析：
一、合同效力的基本原则

1. 合同有效性条件：合同的有效性取决于合同主体是否具备民事行为能力、意思表示是否真实、合同内容是否合法且不违背公序良俗。若两份合同均满足这些条件，且不存在相互冲突或违反法律强制性规定的情形，则两份合同均可能有效。
2. 合同冲突处理：若两份合同内容存在冲突，或新合同签订后旧合同未解除，需根据合同约定和法律规定判断其效力。通常，后签订的合同在双方意思表示一致且不违反法律强制性规定的情况下，可能被视为对前合同的变更或补充。
   二、特定情形下的合同效力
3. 三方合同与两方合同的关系：若三方合同与两方合同内容不冲突，且均符合法律规定，则两份合同均可有效存在。例如，三方合同可能涉及发包、总包与分包之间的权利义务关系，而两方合同可能仅涉及总包与分包之间的特定事项。
4. 违法分包的情形：若两方合同涉及违法分包（如分包单位不具备相应资质或分包内容超出其资质范围），则该两方合同可能因违反法律强制性规定而无效。此时，三方合同中涉及该违法分包的部分也可能受到质疑。
5. 表见代理与合同效力：若分包单位在签订两方合同时以总包名义行事，且相对方有合理理由相信其有代理权（如持有总包相关资料、印章等），则根据表见代理的法律规定，该两方合同可能有效，总包需承担合同责任。