挂靠资质的工程款能否查封需分情况讨论，具体分析如下：
一、合同关系角度

1. 直接合同关系：若被挂靠企业与发包人直接签订了建设工程施工合同，且合同合法有效，则被挂靠企业作为合同一方主体，有权依据合同约定向发包人主张工程款。在此情况下，若工程款未支付，被挂靠企业可依法申请查封相关工程款，以保障其合法权益。
2. 表见代理：若被挂靠企业虽未直接与发包人签订合同，但其行为导致发包人有合理理由相信挂靠人是代表被挂靠企业进行施工，构成表见代理。此时，被挂靠企业同样可以向发包人主张工程款，并在符合条件时申请查封。
   二、实际履行角度
   如果被挂靠企业在施工过程中实际参与了工程管理，如派遣技术人员、管理人员对工程质量、进度等进行把控，或提供了部分施工设备、材料等，那么它可以基于其实际投入和贡献，向发包人或挂靠人主张相应的工程款份额。在此情况下，若工程款未支付且被挂靠企业能够提供确凿证据证明其实际参与和投入，其申请查封工程款的请求可能得到支持。
   三、法律法规角度
   挂靠行为违反了《建筑法》、《建设工程质量管理条例》等法律法规的禁止性规定，因此挂靠合同或协议在法律上往往是无效的。然而，尽管挂靠合同无效，但若实际施工人已经完成了工程并经验收合格，根据“事实行为产生法律效力”的原则，实际施工人有权要求支付工程款。此时，若工程款流经被挂靠企业账户，被挂靠企业可能因涉及其中而面临法律风险，但能否申请查封工程款仍需根据具体情况判断。