配偶名下的农村自建房是否会被法院查封、冻结、拍卖，需分情况讨论：
一、担保债务性质

1. 若担保债务被认定为个人债务：根据《中华人民共和国民法典》第一千零六十四条，夫妻一方在婚姻关系存续期间以个人名义超出家庭日常生活需要所负的债务，不属于夫妻共同债务，但债权人能证明该债务用于夫妻共同生活、共同生产经营或基于双方共同意思表示的除外。若担保债务被认定为个人债务，法院通常不会直接执行配偶名下的财产。
2. 若担保债务被认定为夫妻共同债务：若债权人能证明担保行为是为了家庭共同利益，如担保所获资金用于家庭经营、购买家庭重大资产等，该债务可能被认定为夫妻共同债务。此时，配偶名下的财产，包括农村自建房，可能面临被法院查封、冻结、拍卖的风险。
   二、担保责任类型
3. 一般保证责任：根据《中华人民共和国民法典》第六百八十七条，一般保证的保证人在主合同纠纷未经审判或仲裁，并就债务人财产依法强制执行仍不能履行债务前，有权拒绝向债权人承担保证责任。若配偶的丈夫承担的是一般保证责任，且债务为个人债务，法院通常只会执行其个人财产。
4. 连带保证责任：根据《中华人民共和国民法典》第六百八十八条，连带责任保证的债务人不履行到期债务时，债权人可以请求保证人承担保证责任。若配偶的丈夫承担的是连带保证责任，债权人可直接要求其承担责任，可能涉及夫妻共同财产，包括农村自建房。
   三、财产共有情况
   若农村自建房为夫妻共同财产，且担保债务被认定为夫妻共同债务或配偶的丈夫承担连带保证责任，法院在执行过程中可能对该房产采取查封、冻结或拍卖等措施。