债权转让后债务人对基础债权有异议，可按以下步骤处理：
一、核查债权转让的合法性

1. 审查转让协议：需确认债权转让协议是否合法有效，包括是否符合《中华人民共和国民法典》中关于合同效力的规定，如是否存在欺诈、胁迫等导致合同无效的情形。
2. 通知债务人：根据《中华人民共和国民法典》第五百四十六条，债权人转让债权，未通知债务人的，该转让对债务人不发生效力。因此，应确保已向债务人发出有效的债权转让通知。
3. 考虑禁止转让情形：若债权存在根据债权性质不得转让、按照当事人约定不得转让或依照法律规定不得转让的情形，债权转让将无效。债务人可据此提出异议。
   二、处理债务人的异议
4. 协商解决：债务人提出异议时，首先应尝试通过协商解决争议。双方可就债权转让的具体条款、履行方式等进行沟通，寻求共识。
5. 提供证明文件：债务人认为债权转让存在问题时，可要求其提供相关证明文件或证据。同时，债权人也可提供债权转让的合法依据和通知记录等证据，以支持自己的主张。
6. 申请司法救济：若协商无果，且债务人坚持认为债权转让无效或存在其他问题，债权人可向人民法院提起诉讼，请求确认债权转让的效力并要求债务人履行义务。法院将对债权转让的合法性进行全面审查，并根据事实和法律规定作出判决。