网店遇到职业打假，已退款后工商投诉是否有效，需视具体情况及投诉内容而定。以下从不同角度进行分析：
一、投诉有效性基础

1. 投诉内容真实性：若职业打假人投诉内容属实，如商品存在质量问题、虚假宣传、欺诈等，且能提供充分证据，工商部门将依法受理并调查。即使已退款，若商家行为确实违法，工商投诉仍可能有效，商家可能面临行政处罚。
2. 投诉目的与身份认定：若职业打假人以营利为目的，大量购买问题商品后投诉，其行为可能不被认定为“为生活消费需要”，从而无法作为法律意义上的“消费者”获得赔偿。但若投诉内容属实，工商部门仍可能对商家违法行为进行查处。
   二、已退款对投诉的影响
3. 民事赔偿角度：退款可能视为商家已承担部分民事责任，但若投诉涉及行政违法，如销售假冒伪劣商品，工商部门仍可依法对商家进行行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
4. 投诉处理流程：工商部门受理投诉后，将依法进行调查核实。若商家已退款且投诉内容不涉及行政违法，工商部门可能终止调查或建议投诉人通过其他途径解决。若投诉内容属实且涉及行政违法，工商部门将依法处理。
   三、商家应对建议
5. 核实投诉内容：及时与投诉方及工商部门沟通，了解投诉详情，核实商品或服务是否存在问题。
6. 积极配合调查：如实提供相关资料和信息，配合工商部门调查，避免隐瞒或虚假陈述。
7. 加强内部管理：完善质量管控体系，提升员工法律意识，避免类似问题再次发生。