微生物菌剂含菌不达标属于生产经营不符合食品安全标准的食品或食品添加剂，将面临严格的法律处罚。具体处罚依据及标准如下：
一、主要法律依据
- 《中华人民共和国食品安全法》第一百二十四条：明确规定，对于生产经营致病性微生物（包括含菌不达标的微生物菌剂）含量超过食品安全标准限量的食品或食品添加剂，若尚不构成犯罪，将由县级以上人民政府食品安全监督管理部门进行处罚。
二、具体处罚措施
- 没收违法所得和违法生产经营的物品：包括违法所得、违法生产经营的食品、食品添加剂，以及用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品。
- 罚款：
- 若违法生产经营的食品、食品添加剂货值金额不足一万元的，并处五万元以上十万元以下罚款；
- 若货值金额一万元以上的，并处货值金额十倍以上二十倍以下罚款；
- 吊销许可证：对于情节严重的，如多次违规或造成严重后果的，将吊销许可证。
三、其他相关处罚
- 若食品生产经营者在食品安全监督管理部门责令召回或停止经营后，仍拒不召回或停止经营的，也将面临类似处罚。
- 对于食品生产经营者的法定代表人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员，若因食品安全犯罪被判处有期徒刑以上刑罚的，将终身不得从事食品生产经营管理工作，也不得担任食品生产经营企业食品安全管理人员。
