司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般情况

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商，约定了分期付款的方案，并且该方案得到了法院的认可（例如通过法院出具调解书的形式予以确认），当债务人按照约定的期限和金额按时、足额完成全部款项的支付后，案件通常会结案。

   比如在民间借贷纠纷中，原告起诉被告要求偿还借款，经法院主持调解，双方达成被告分三期偿还借款的协议，法院据此制作调解书。被告在规定时间内还清了所有款项，此时法院会将该案件作结案处理。

    特殊情况

    未按约定履行 ：如果债务人在分期付款过程中出现违约，未按照协商的方案按时、足额支付款项，那么债权人有权依据相关法律文书（如调解书）向法院申请强制执行。这种情况下，案件不仅不会结案，反而会进入执行程序。

    后续衍生问题 ：即使款项全部支付完毕，但如果存在一些与案件相关的后续问题未解决，例如需要办理相关的产权变更登记等手续，案件可能也不会立即结案，要等所有相关事宜处理完毕才会最终结案。

    刑事案件附带民事赔偿

    赔偿履行完毕

   在刑事案件附带民事诉讼中，如果被告人与被害人就民事赔偿部分达成司法协商分期付款协议，并且被告人按照协议完成了全部赔偿支付，一般来说，附带民事部分会结案。不过，刑事案件本身会依据刑事诉讼程序继续进行，根据犯罪事实和法律规定对被告人作出刑事判决。

    赔偿未完成

   若被告人在分期付款过程中违约，不履行赔偿义务，被害人可以向法院申请强制执行其财产。这种情况下，附带民事赔偿部分的执行程序会持续，直至赔偿问题解决，案件才会就附带民事部分结案。而刑事案件则不受附带民事赔偿履行情况的影响，按照既定程序推进。