司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    通常情形

    - 在民事案件中，如果双方达成司法协商分期付款协议，并且按照协议约定，债务人严格履行了分期还款的义务，直至全部债务清偿完毕，那么一般情况下案件会以执行完毕的方式结案。例如在民间借贷纠纷中，法院判决被告偿还原告借款，之后双方在法院主持下达成了分期还款协议，被告按照协议分 5 期还清了所有欠款，此时法院会认定案件执行完毕并结案。

    特殊情形

    未完全履行 ：如果债务人在司法协商分期付款过程中，没有按照协议约定按时、足额还款，出现逾期违约的情况，债权人有权向法院申请恢复执行原生效法律文书。此时案件不会结案，而是会继续处于执行程序中。比如，协议约定每月 10 日还款 5000 元，债务人连续 3 个月未按时还款，债权人就可以申请恢复执行。

    达成和解但未履行完毕且需长期监督 ：虽然双方达成了分期还款协议，但由于债务履行期限较长，法院可能会在一定时间内对履行情况进行监督。在这种情况下，案件可能不会立即结案，而是处于一种“和解长期履行”的状态，直至债务全部履行完毕才会正式结案。

    刑事案件附带民事赔偿部分

    积极履行赔偿

   如果刑事案件中的附带民事赔偿部分，被告与原告达成了司法协商分期付款协议，并且被告积极履行赔偿义务，在全部赔偿款支付完毕后，附带民事部分会结案。例如在故意伤害案件中，被告需赔偿原告医疗费等损失，双方协商分期支付，被告按约支付完毕后，附带民事赔偿的执行程序结束。

    不履行赔偿

   若被告在刑事案件附带民事赔偿的分期履行过程中违约，不按时支付赔偿款，原告可以向法院申请强制执行。此时，案件的附带民事赔偿执行部分不会结案，法院会采取相应的执行措施，如查询、冻结、划拨被告的财产等，以保障原告的合法权益。