司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案的情况

    - 在民事纠纷中，如果双方当事人在法院主持下达成了分期付款的调解协议，并且该协议得到了切实履行，那么案件通常会以调解结案。法院会制作调解书，调解书生效后，案件即告终结。

    - 例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院的调解下，双方达成协议，乙分三期偿还借款，每期偿还 3 万、3 万、4 万。乙按照协议按时足额还款后，法院会终结该案件的审理程序。

    可能不会立即结案的情况

    - 如果只是达成了分期付款的司法协商，但债务人尚未完全履行还款义务，案件通常不会立即结案。法院会对案件进行跟进，以确保协议的执行。一旦债务人出现违约，如未按时还款或还款金额不足，债权人可以依据调解协议或相关法律文书向法院申请强制执行。

    - 比如上述案例中，乙偿还了第一期 3 万元后，第二期未能按时偿还，此时甲可以向法院申请强制执行剩余未还的款项，案件会进入执行程序，直至债务全部清偿完毕才会结案。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

    - 与民事案件类似，如果在刑事附带民事诉讼中，就民事赔偿部分达成了分期付款的协议，且按照协议履行完毕，附带民事诉讼部分会结案。但刑事案件本身的刑事处罚部分会根据法院的判决正常执行。

    - 例如，在故意伤害案件中，被告人除了要承担刑事责任外，还需对被害人进行民事赔偿。双方达成了民事赔偿的分期付款协议，当被告人按照协议完成赔偿后，附带民事诉讼部分终结，但被告人仍需接受相应的刑事处罚。

    不存在司法协商分期付款结案的情况

    - 对于刑事案件的刑事责任部分，不存在通过协商分期付款来结案的情况。刑事责任是对犯罪行为的制裁，由法律明确规定，必须依据法院的判决来执行，不能通过当事人之间的协商分期来免除或变更。

    - 比如，某人因盗窃罪被起诉，不能通过与被害人协商分期支付所谓的“赔偿”来逃避刑事处罚，法院会根据犯罪事实和法律规定作出判决，被告人需按照判决服刑等。