司法协商分期付款后是否会结案需要分情况来看，以下为你详细分析：

    民事案件

    一般会结案

   在司法协商达成分期付款协议后，通常意味着双方当事人就争议事项达成了和解。以民间借贷纠纷为例，原告起诉被告要求偿还借款，双方在法院主持下达成司法协商，约定被告分若干期偿还欠款。如果被告按照协议约定的时间和金额按时履行还款义务，那么法院一般会按照程序结案。这是因为双方的争议已经通过协商得到妥善解决，案件的审理目的已经达成。

    可能不会结案

   若被告未按照分期付款协议履行义务，比如出现逾期还款或者拒绝还款的情况，那么原告可以向法院申请恢复执行。此时，案件就不会结案，法院会根据原告的申请，采取相应的执行措施，如查询、冻结、划拨被告的财产等，以保障原告的合法权益得以实现。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   如果刑事案件中存在附带民事诉讼，双方就民事赔偿部分达成分期付款协议。当被告人按照协议履行赔偿义务后，附带民事诉讼部分通常会结案。例如在故意伤害案件中，被害人提起附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费、误工费等损失，双方协商后被告人分期赔偿。在被告人完成赔偿后，附带民事诉讼部分的审理程序终结。

    刑事部分

   刑事案件的刑事处罚部分不会因民事赔偿的分期付款协商而结案。刑事案件是国家对犯罪行为进行的追诉，犯罪嫌疑人需要承担的刑事责任由法律规定，并不会因为与被害人达成民事赔偿协议就免除。即使双方就民事赔偿达成了分期付款协议并履行，刑事部分仍会按照法定程序继续进行，直至法院作出判决，对犯罪嫌疑人定罪量刑。