司法协商分期付款后是否会结案需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事纠纷中，若双方当事人达成司法协商并约定分期付款，通常意味着双方在法院的主持下（如法院调解）或自行协商后就债务履行方式等问题达成了一致意见。如果这种协商结果以法院调解书的形式固定下来，且按照调解书的要求，债务人开始按照分期方案履行还款义务，债权人也接受该履行方式，那么案件一般会以调解结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院主持下双方达成调解协议，约定乙分 5 期偿还借款，法院制作调解书送达双方当事人。乙按照调解书的要求开始偿还第一期款项后，法院会将该案件作结案处理。

    可能不结案

   若虽然达成了分期付款的协议，但只是双方私下协商，没有经过法院以调解书等法定形式确认，或者在履行过程中债务人没有按照约定的分期方案还款，债权人可以再次向法院申请恢复执行（如果之前进入了执行程序）或者重新起诉（如果之前只是达成和解未经过法院处理），这种情况下案件就不会真正结案。

   比如，甲和乙私下约定乙分 3 期偿还欠款，但乙支付了第一期后就不再履行后续还款义务，甲可以向法院申请强制执行乙剩余未还的款项，案件也就会继续处于司法程序中。

    刑事案件附带民事赔偿部分

    可能会影响刑事部分处理进度但不完全等同于结案

   在刑事案件中，如果涉及附带民事赔偿，犯罪嫌疑人或其家属与被害人达成司法协商分期付款赔偿的协议，对于犯罪嫌疑人的量刑等可能会产生一定的积极影响。但刑事案件本身的处理不会因为附带民事赔偿达成分期付款协议而结束。

   例如，张三因故意伤害李四被提起公诉，同时李四提起附带民事诉讼要求张三赔偿医疗费等损失。双方达成了赔偿协议，张三分期支付赔偿款。但刑事部分仍需按照法定程序进行，法院会根据犯罪事实、情节等对张三作出刑事判决。只有当刑事判决生效且附带民事赔偿按照协议履行完毕（或经过法院执行程序处理完毕），整个案件才算真正意义上的全部结案。