司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案情况

    - 在民事纠纷中，若双方当事人达成司法协商并确定了分期付款的方案，并且该方案经过法院的司法确认（比如通过制作调解书等方式）。当债务人按照分期付款的约定按时、足额履行了还款义务后，债权人的债权得以实现，双方的纠纷得到彻底解决，法院通常会将案件作结案处理。

    - 例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院主持下双方达成调解协议，约定乙分 10 期，每月偿还 1 万元。乙按照协议如期偿还完所有款项，法院会结案。

    可能不会结案情况

    - 如果债务人在分期付款过程中出现违约，未按照约定的时间或金额还款，债权人有权依据之前的协商内容（如调解书、和解协议等），向法院申请恢复执行程序。此时案件不会结案，而是会重新进入执行阶段，法院会采取相应的执行措施来保障债权人的合法权益。

    - 比如上述案例中，乙偿还了前 3 期后就不再还款，甲可以向法院申请恢复执行剩余的 7 万元及相应利息等，案件会继续处于执行状态。

    刑事案件

   在刑事案件中，一般不存在被害人与犯罪嫌疑人就刑事责任进行“司法协商分期付款”的情况。不过在刑事附带民事诉讼部分，如果涉及民事赔偿达成分期付款协议：

    通常意义上的刑事案件未结案

    - 刑事案件的核心是对犯罪嫌疑人的定罪和量刑等刑事责任的追究。即便附带民事诉讼的赔偿部分达成了分期付款协议并逐步履行，只要刑事审判程序未完成，包括犯罪嫌疑人是否有罪、如何量刑等问题未最终确定，刑事案件整体不会结案。

    - 例如，在一个故意伤害案件中，犯罪嫌疑人与被害人达成了民事赔偿分期付款协议，但法院还未对犯罪嫌疑人的刑事责任作出判决，此时刑事案件仍在司法程序中，没有结案。

    附带民事诉讼部分结案可能情况

    - 如果附带民事诉讼的赔偿部分达成分期付款协议，并且犯罪嫌疑人按照协议履行完毕赔偿义务，那么附带民事诉讼部分可以视为解决，这部分可以结案，但不影响刑事案件对犯罪嫌疑人刑事责任的继续审理和裁判。

   综上所述，司法协商分期付款后案件是否结案要根据具体案情和履行情况来判断。