司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案的情况

    - 在民事纠纷案件中，当双方当事人达成司法协商分期付款协议后，如果该协议得到了法院的司法确认（比如通过出具调解书的方式），并且债务人按照协议约定的时间和金额按时、足额履行了还款义务，那么案件通常会以执行完毕的方式结案。

    - 例如，甲起诉乙偿还借款10万元，在法院主持下双方达成司法协商，乙分三期偿还借款，法院出具了调解书。乙按照调解书的要求，在规定时间内还清了全部借款，此时法院会结案，并会有相应的结案文书记录该案件的处理结果。

    可能不会结案的情况

    - 如果债务人没有按照司法协商分期付款协议履行义务，比如出现逾期还款、少还款等情况，债权人可以依据之前的司法文书（如调解书）向法院申请强制执行。在这种情况下，案件不会因为达成了分期付款协议而结案，而是会进入执行程序，直到债务人履行完义务或者出现法定的终结执行情形（如债务人死亡且无遗产可供执行等）才会结案。

    - 比如上述案例中，乙只偿还了第一期的款项，之后就不再还款，甲有权向法院申请强制执行乙的财产，此时案件会继续处于执行状态。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

    - 刑事附带民事诉讼中涉及民事赔偿的部分，如果双方就赔偿达成司法协商分期付款协议，并且被告人按照协议履行赔偿义务，刑事附带民事诉讼部分可以以调解结案的方式处理。但刑事案件本身关于定罪量刑的部分不受此影响，仍然会按照刑事诉讼程序进行审理和判决。

    - 例如，在故意伤害案件中，被害人提起刑事附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费等损失，双方达成司法协商分期付款赔偿协议，法院会对附带民事诉讼部分进行处理结案，但会继续对被告人的刑事责任进行审判。

    不存在单纯因协商分期付款结案的情况

    - 刑事案件是国家对犯罪行为进行追诉，维护社会秩序和公共利益，不会因为犯罪嫌疑人与被害人就经济赔偿达成分期付款协议而直接结案。犯罪嫌疑人仍然要承担相应的刑事责任，只是积极赔偿被害人损失并取得谅解等情节，可能会在量刑时作为从轻处罚的考量因素。