司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事诉讼案件

    一般会结案的情况

    达成和解协议并履行 ：在司法协商达成分期付款协议后，如果债务人按照协议约定的时间和金额按时、足额履行了还款义务，债权人的债权得到实现。此时，双方可以向法院申请撤诉或者由法院根据实际情况作出结案处理。例如，在民间借贷纠纷中，被告与原告协商分期偿还借款，被告依约还清所有款项后，原告向法院申请撤诉，法院裁定准许撤诉，案件即告终结。

    达成调解协议并履行 ：若在法院主持下达成调解协议，约定了分期付款的内容，债务人完全履行协议后，法院会按照调解程序结案。以买卖合同纠纷为例，双方在法院调解下达成被告分期支付货款的协议，被告履行完毕后，法院会将案件作结案处理，并记录在案。

    不一定结案的情况

    未完全履行协议 ：如果债务人在分期付款过程中出现违约，未按照协议约定的时间或金额还款，债权人可以依据相关法律规定和协议约定，向法院申请恢复执行原生效法律文书或者要求债务人承担违约责任。这种情况下，案件不会结案，而是会继续处于司法程序中。比如，在房屋租赁合同纠纷中，双方协商被告分期支付拖欠的租金，但被告支付了几期后不再履行，原告就可以向法院申请强制执行剩余款项，案件会继续进行。

    刑事附带民事诉讼案件

    若民事赔偿部分达成分期付款协议且履行完毕 ：对于刑事附带民事诉讼中的民事赔偿部分，如果被告人与被害人就赔偿问题协商达成分期付款协议，并且被告人按时足额履行了全部赔偿义务，民事部分通常会结案。但刑事案件的刑事部分会根据具体的法律程序和判决结果进行处理，不受民事赔偿履行情况的影响。例如，在故意伤害案件中，被告人与被害人就民事赔偿达成分期赔偿协议并履行完毕，民事部分结案，但刑事部分仍会按照正常的审判程序对被告人的刑事责任作出判决。

    民事赔偿未履行完毕 ：如果被告人在分期付款过程中违约，被害人可以就未履行的部分向法院申请强制执行。刑事部分依然会按照既定程序推进，而民事赔偿部分的案件则不会结案，直至赔偿问题得到妥善解决。