司法协商分期付款后案件通常会结案，但具体情况要根据案件类型和实际进展来判断，以下分不同情形为你分析：

    民事案件

    一般会结案

   在大多数民事纠纷中，如民间借贷、买卖合同纠纷等，如果双方当事人在司法程序中达成了分期付款的协商协议，并且按照协议约定完成了相应的手续，如签订调解书（在法院主持下达成调解）或者和解协议（自行达成和解后经法院确认），那么案件通常会以调解或和解的方式结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款10万元，在法院审理过程中，双方协商一致，乙分三期偿还借款，法院据此制作了调解书。当双方签收调解书后，案件即告结案。此后，若乙按照调解书约定的时间和金额分期还款，整个纠纷就得到了妥善解决。

    可能不结案

   如果在达成分期付款协议后，义务人（付款方）没有按照协议履行还款义务，那么权利人（收款方）可以向法院申请强制执行。此时，案件会进入执行程序，并没有真正结案。

   比如，上述案例中乙在支付了第一期款项后，就不再按照调解书的约定继续还款，甲有权向法院申请强制执行乙的财产，案件会因进入执行阶段而仍处于未结案状态。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   在刑事附带民事诉讼中，如果涉及民事赔偿部分达成了分期付款的协商，且双方履行了相关手续，这部分民事赔偿问题可以按照类似民事案件的方式处理，可能会以调解或和解的方式结案。但刑事案件本身的刑事部分则会依据法律规定继续进行审理和判决。

   例如，在一起故意伤害案件中，被害人提起刑事附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费等损失。双方就民事赔偿部分达成了分期付款协议，法院可以对附带民事诉讼部分进行调解结案，但刑事部分依然会根据被告人的犯罪事实、情节等依法作出判决。

    不存在真正意义的“结案”

   刑事案件是国家对犯罪行为进行追诉，即使犯罪嫌疑人与被害人就民事赔偿达成分期付款协议，也不影响司法机关对犯罪行为的追究。只有当法院对刑事案件作出最终的判决，并且判决生效，整个刑事案件才会真正意义上结案。