司法协商分期付款后一般会结案，但具体情况需根据不同的司法程序和案件类型来判断，以下为你详细分析：

    民事诉讼案件

    通常会结案

   在民事诉讼中，如果双方当事人在法院主持下达成了分期付款的调解协议，或者自行达成协议并经法院确认。当双方按照协议开始履行，原告的诉求通过这种分期履行的方式得到了保障，法院通常会按照结案处理。

   例如常见的民间借贷纠纷，原告起诉被告要求偿还借款，经过法院调解，双方达成了被告分期偿还借款的协议。法院会制作调解书，送达双方当事人。一旦调解书生效，案件就会以调解结案的方式在法院系统中进行记录。

    可能不立即结案

   如果在分期付款的过程中，存在一些特殊情况，案件可能不会立即结案。比如被告没有按照协议约定的时间和金额履行付款义务，原告有权向法院申请恢复执行原生效法律文书。在这种情况下，案件会重新进入执行程序，直到被告完全履行义务或者通过其他合法方式解决纠纷后才会真正结案。

    刑事附带民事诉讼案件

    民事赔偿部分按情况处理

   刑事附带民事诉讼中涉及的民事赔偿部分，如果达成了分期付款协议，与普通民事诉讼类似。当双方开始履行协议，且没有出现违约等异常情况，民事赔偿部分可以视为结案。例如在故意伤害案件中，被害人提起附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费等损失，双方达成分期赔偿协议，在正常履行时，附带民事部分可以结案。

    刑事案件部分不受影响

   刑事案件本身的处理不受民事赔偿分期协议的影响。刑事案件要根据犯罪事实、证据等情况，按照刑事诉讼程序进行审理和判决。即使民事赔偿部分达成了分期协议并履行，刑事案件仍需按照法律规定的流程完成侦查、起诉、审判等环节，直至作出最终的刑事判决，整个刑事诉讼程序才会结束。

    执行案件

    达成和解协议可能会终结本次执行程序

   在执行程序中，双方当事人达成分期付款的和解协议后，法院可以裁定终结本次执行程序。这意味着执行案件在形式上暂时结案，但如果被执行人不履行和解协议，申请执行人可以申请恢复执行。例如在一个买卖合同纠纷的执行案件中，双方达成了分期还款的和解协议，法院会终结本次执行程序。若被执行人后续未按协议还款，申请执行人可向法院申请恢复执行原来的生效判决。