司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在大多数民事纠纷案件中，如果双方达成司法协商并确定了分期付款的方案，且该方案得到法院的认可和确认（例如通过法院出具调解书的形式）。在这种情况下，只要债务人按照分期付款协议按时、足额履行还款义务，那么案件通常会按照结案处理。这是因为双方的争议已经通过协商达成了一致解决方案，法院的主要工作目的就是解决当事人之间的纠纷，纠纷解决后自然可以结案。

    - 例如，在民间借贷纠纷中，原告起诉被告要求偿还借款，经法院主持调解，双方达成了被告分三期偿还借款的协议，法院据此制作了调解书。被告依约履行了全部还款义务后，法院会将该案件作结案处理。

    可能不结案

   然而，如果在分期付款过程中，债务人出现违约行为，未按照协议约定的时间和金额还款，那么债权人有权依据相关法律规定和协议约定，向法院申请恢复执行。此时，案件就不会结案，而是会重新进入执行程序，法院会根据债权人的申请采取相应的执行措施，如查询、冻结、划拨债务人的财产等。

    - 比如，还是上述民间借贷纠纷，被告在支付了第一期款项后，第二期款项逾期未支付，原告就可以向法院申请恢复执行，要求被告一次性偿还剩余全部借款，案件会继续处于司法程序中。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   刑事案件中如果涉及刑事附带民事诉讼，对于民事赔偿部分双方可以进行协商并达成分期付款协议。当被告人按照协议履行完赔偿义务后，附带民事诉讼部分会结案。但刑事案件本身的刑事诉讼程序不受此影响，它仍然会按照法律规定的程序进行，对被告人的定罪量刑由法院依据犯罪事实、证据和相关法律作出判决。

    - 例如，在故意伤害案件中，被害人提起刑事附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费、误工费等损失，双方协商达成被告人分两年分期赔偿的协议。被告人按期赔偿完毕后，附带民事诉讼部分终结，但刑事部分仍会由法院根据被告人的犯罪情节等作出判决。

    不存在单纯“司法协商分期付款结案”情况

   刑事案件是国家公权力对犯罪行为的追诉，犯罪行为侵犯的不仅是被害人的权益，更损害了社会公共利益和法律秩序，所以不能仅仅通过当事人之间的协商分期付款就使刑事案件结案。只有在经过完整的刑事诉讼程序，包括侦查、审查起诉、审判等环节，法院作出判决且判决生效后，刑事案件才会结案。