司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    一般情况下会结案

    民事案件

   在民事纠纷案件中，如果双方当事人在司法程序（如诉讼过程中在法院主持下达成调解，或执行阶段达成执行和解等）中协商一致进行分期付款，并且按照协议履行了相应义务。例如，债权人与债务人就债务偿还问题达成分期付款协议，债务人按照协议按时足额支付每一期款项，直至全部债务清偿完毕。这种情况下，意味着纠纷已经得到实质性解决，法院通常会作结案处理。

    刑事案件附带民事赔偿

   在刑事案件中，如果涉及附带民事赔偿部分，犯罪嫌疑人或其家属与被害人达成了分期付款赔偿协议，并依约履行，附带民事诉讼部分一般也会结案。不过刑事案件的刑事部分会依据法律规定继续进行相应的审判和处理。

    可能不会立即结案的情况

    未完全履行协议

   如果只是达成了分期付款的协议，但债务人没有按照协议的约定按时、足额支付款项，出现违约情形。那么债权人有权依据协议约定或者法律规定，要求恢复原生效法律文书的执行等。在这种情况下，案件不会结案，法院会继续对案件进行处理，以保障债权人的合法权益。

    存在后续问题待处理

   即使当事人达成了分期付款协议且正常履行，但案件可能存在一些后续的程序性问题需要处理，比如需要办理相关的产权变更登记等手续，在这些手续未完成之前，案件可能不会完全结案。