司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    通常会结案

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商，确定了分期付款的方案，并且按照相关程序将该协议提交给法院，经过法院审查认可后，一般会以调解的方式结案。

   例如在民间借贷纠纷中，原告起诉被告要求偿还借款，双方在法院主持下达成了被告分三个月偿还借款的协议。法院会制作民事调解书，送达双方当事人，一旦双方签收，该案件就会以调解方式结案。调解书具有法律效力，如果一方不履行，另一方可以直接向法院申请强制执行。

    可能暂不结案

   如果只是双方私下达成了分期付款的口头或书面协议，没有通过法院以法定程序进行确认，那么案件通常不会结案。因为法院需要对案件的处理结果进行正式的法律确认。此外，如果在分期付款的过程中，债务人出现违约，未按照约定的期限和金额付款，债权人有权向法院申请恢复执行程序，此时案件也不会真正结案。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   与民事案件类似，如果刑事附带民事诉讼的原被告就民事赔偿部分达成了分期付款的协议，经法院审查并制作调解书，附带民事诉讼部分可以结案，但刑事案件本身仍会按照刑事诉讼程序继续进行，对被告人的刑事责任进行审判。

   比如在故意伤害案件中，被害人提起刑事附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费等损失，双方达成了赔偿款分阶段支付的协议，法院对附带民事部分调解结案后，仍会对被告人的故意伤害行为是否构成犯罪、如何量刑等进行审理和判决。

    刑事案件整体

   刑事案件涉及国家对犯罪行为的追诉，通常不会因为犯罪嫌疑人与被害人达成赔偿的分期付款协议而结案。即使犯罪嫌疑人积极赔偿并取得被害人谅解，这可能只是在量刑时作为从轻处罚的情节予以考虑，但刑事诉讼程序依然会持续推进，直至法院作出最终的判决。