司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在大多数民事纠纷中，若双方当事人达成司法协商并确定了分期付款的方案，且该方案得到了法院的认可（比如通过法院出具调解书的形式予以确认）。当债务人按照分期付款协议按时、足额履行还款义务后，意味着双方的争议已经得到妥善解决，这种情况下案件通常会结案。

   例如，在民间借贷纠纷中，债权人起诉债务人要求偿还借款，经法院主持调解，双方达成了债务人分三期偿还欠款的协议，法院据此制作了调解书。债务人依约完成了三期还款，此时法院会将该案件作结案处理。

    可能不结案

   如果债务人在分期付款过程中出现违约行为，未按照协议约定的时间和金额还款，那么债权人有权依据相关协议或法律规定，要求恢复执行原生效法律文书或者要求债务人承担违约责任等。在这种情况下，案件不会结案，法院可能会根据债权人的申请继续对案件进行审理或执行相关程序。

   比如，上述民间借贷案件中，债务人只支付了第一期款项，第二期款项逾期未付，债权人可以向法院申请强制执行，案件会继续处于司法程序中直至问题解决。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   与民事案件类似，如果刑事附带民事诉讼的双方就民事赔偿部分达成了分期付款协议，当被告人按照协议履行完毕赔偿义务，附带民事诉讼部分通常会结案。但刑事案件本身的刑事处罚部分不受此影响，依然会按照刑事诉讼程序进行判决和执行。

   例如，在故意伤害案件中，被害人提起刑事附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费等损失，双方达成了赔偿款分两年支付的协议。被告人按时支付完毕后，附带民事诉讼部分结案，但被告人仍需承担相应的刑事责任，如被判处有期徒刑等刑罚。

    不存在“私了”结案情况

   对于刑事案件的定罪量刑部分，不能通过当事人之间的协商分期付款来结案。因为刑事犯罪不仅侵犯了被害人的权益，还破坏了社会秩序和公共利益，是否追究犯罪嫌疑人的刑事责任由国家司法机关根据法律规定决定，不会因当事人之间的协商而撤销案件（除非存在法定的不追究刑事责任的情形，如犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚等）。