司法协商分期付款后是否结案需要分情况来看，以下为你详细分析：

    会结案的情况

    双方达成和解且履行完毕

   在司法协商达成分期付款协议后，如果债务人严格按照协议约定的时间和金额履行了全部还款义务，债权人的债权得到了完全实现，并且双方没有其他争议，那么案件通常会以执行完毕或和解履行完毕的方式结案。

   比如，在一个民间借贷纠纷案件中，法院判决被告偿还原告 10 万元，双方在执行阶段协商达成分期付款协议，被告分 10 期，每月偿还 1 万元。被告按照协议如期足额支付了全部款项，此时法院会认定案件已经了结，并作出结案处理。

    达成和解协议并提交法院确认

   在诉讼过程中，双方自行达成分期付款的和解协议，并将该协议提交给法院，经法院审查符合法律规定后出具调解书。当债务人按照调解书规定的分期内容履行义务时，案件也会按照调解结案的程序进行处理。因为调解书具有与判决书同等的法律效力，一旦履行完毕，案件即告终结。

    不会结案的情况

    未按协议履行

   如果债务人在司法协商分期付款过程中，没有按照协议约定的时间、金额等条款履行还款义务，出现逾期或未足额还款的情况，那么债权人有权依据原生效法律文书或者和解协议，要求法院恢复执行程序。此时，案件不会结案，仍处于执行状态。

   例如，还是上述民间借贷纠纷，被告在支付了前 3 期款项后，第 4 期开始逾期未支付，原告就可以向法院申请恢复执行，要求被告一次性偿还剩余款项，案件会继续进行执行程序直至问题解决。

    出现新的争议

   即使债务人按照分期付款协议履行了还款义务，但如果双方在履行过程中就协议的解释、履行方式等方面产生了新的争议，并且无法自行协商解决，一方当事人可能会再次向法院提起诉讼或通过其他司法途径解决争议。这种情况下，原案件虽然可能在形式上暂时处于一种“待观察”状态，但由于新争议的出现，整个纠纷并没有真正了结，司法程序可能会继续推进。